2003年4月，經教育部批準，學校由南京經濟學院正式更名為南京財經大學。
2000年，學校由原南京經濟學院、江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟管理幹部學院三校合並組建而成。2006年，學校在教育部本科教學工作水平評估中獲得優秀。
南京財經大學是壹所以經濟管理類學科為主，經濟學、管理學、法學、工學、文學、理學等多學科支撐配套、協調發展的江蘇省屬重點建設大學。
歷經多年改革建設，依托新的發展機制，南京財經大學的知名度迅速擴大，社會影響力逐步提升，辦學實力明顯增強，整體面貌煥然壹新，實現了超常規、跨越式發展。