工商管理學院的前身是原南京經濟學院工商管理系，成立於1993年6月，於1993年7月正式獨立辦公。2003年上半年隨著學校更名為南京財經大學，工商管理系也於8月份更名為工商管理學院，下設工商管理、旅遊管理和人力資源管理三個系。