馬列青年協會原設有辦公室、宣傳部、傳媒部、外聯部、策劃部、活動部、文學部，現為了增強部門之間的協調性，於2012年將傳媒部與文學部合並成編輯部，主要負責協會的文字，網站的編輯管理工作。 2013年，馬列青年協會現設有五個部。協
會還與吉林建築工程學院鄧小平理論和“三個代表”重要思想學習研究會、長春工程學院青年馬列學社、吉林財經大學信息經濟學院女子健身協會、吉林財經大學信息經濟學院毓睿演講協會等兄弟社團建立交流與合作關系，通過交流與合作相互學習，***同進步。