2001年底，為支援綿陽科技城建設，中國人民銀行模擬銀行實驗中心的領導和同誌們經過壹段時間的考察與醞釀，調研與分析，並與全國五大電子商務試點城市之壹的綿陽市人民政府多次接觸，提出了在綿陽試辦電子商務學院興建校區的設想，經西南財經大學校領導慎重研究，並與綿陽市政府反復磋商後，雙方簽訂了合作辦學的意向書。2002年3月18日，西南財經大學以西財大黨發20024號文《關於新設校內教學機構的通知》，決定成立西南財經大學電子商務學院。西南財經大學增設校內教學單位電子商務學院（直屬院系），其地位與校內其它二級學院完全相同。2006年西南財經大學電子商務學院完成了歷史使命不再招生，辦學四年。該院系學生則整體遷回西南財經大學光華校區。