2000年，南京經濟學院、江蘇財經學院和江蘇經濟管理學院合並組建新的南京經濟學院。2003年，經教育部批準，學校正式更名為南京財經大學。2011年，江蘇省人民政府與國家糧食局簽約共建南京財經大學。
2019國家糧食和物資儲備局與江蘇省人民政府簽署戰略合作協議，全力支持學校發展。2021年學校獲批為需要加強的博士學位授予單位，獲批江蘇省高水平大學建設高峰計劃B類建設高校。
南京財經大學，成立於1956，糧食部南京糧食學校，是新中國最早創辦的糧食院校之壹。1981在原南京糧食學校的基礎上成立了南京糧食經濟研究所。1993，學校更名為南京經濟學院。1999，南京物資學校並入南京經濟學院。
南京財經大學已成為江蘇省以經濟管理為主，以經濟學、管理學、法學、工學、理學、文學、藝術學為支撐和協調發展的高水平大學。
經過多年的改革發展，學校知名度迅速擴大，教育質量不斷提高，綜合實力明顯增強，社會聲譽全面提高，各項事業邁上新臺階，呈現出強勁的發展勢頭和嶄新的改革氣象。