2008年4月29日，手握數百億資產的湧金系掌門人魏東壹跳殞命，社會震驚，與王益有關的傳言也從小範圍逐步擴大。
2008年2月至4月，王益的前任秘書孟濤、其弟王磊及與之來往甚密的深圳商人李濤相繼被調查；同年4月，王益被有關部門監控，並被限制出境。魏東跳樓後有傳言稱，魏東死之前，王益和魏東均被請去談話。
2008年5月6日，王益出席魏東的追悼會；2008年6月8日，王益出席在寧波召開的“博鰲現代物流與自由港國際論壇”，在飛機上被中央紀委專案組控制，隨後接受“雙規”審查。
據《財經》雜誌報道，2009年1月22日，最高人民檢察院簽發逮捕令，以涉嫌受賄罪對王益實施逮捕。這意味著王益案已從黨內違紀審查階段進入到實質性的司法程序。
2009年2月4日新華社報道，王益利用職務上的便利為他人謀取利益，收受巨額錢款，並為其親屬經營活動謀取利益，行為嚴重違紀，被開除黨籍和公職。《財經》雜誌稱，根據有關部門的內部通報，經王益本人供認確定的受賄金額達1000多萬元。不過，有關具體案情和涉案金額，還需經司法機關的最終認定。
2010年3月30日，王益涉嫌受賄案在北京市第壹中級人民法院開庭，檢方指控王益受賄1196萬余元，被告人王益表示認罪。