1.檢測項目:新疆維吾爾自治區有嚴格的水質檢測項目，壹般包括生化需氧量（BOD）、化學需氧量（COD）、總有機碳（TOC）、氨氮、亞硝酸鹽氮、硝酸鹽氮、總磷、總氮、pH值、電導率和溶解氧。
2.檢測標準:新疆維吾爾自治區采用國家環境保護標準或自行制定的地方標準進行水質檢測，如《新疆維吾爾自治區地表水環境質量標準》和《新疆維吾爾自治區地下水環境質量標準》。