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通過pyMOL插件GetBox插件確定分子對接口袋

參考:/mengwuxiao/getbox-pymol-plugin

用法:

這個插件是壹個簡單的工具來獲取LeDock和Autodock Vina或其他分子對接軟件的盒子信息。建議使用以下函數來獲取box。

這個插件是壹個簡單的工具來獲取LeDock和Autodock Vina或其他分子對接軟件的信息。建議使用以下函數來獲取box。

/Meng wuxiao/GetBox-PyMOL-Plugin/releases/download/v 1.1/GetBox-PyMOL-Plugin . v 20180204 . zip

打開PyMOL-& gt;插件-& gt;(插件管理器)-& gt;安裝(新)插件-& gt;找到GetBox Plugin.py安裝-& gt;重新啟動PyMOL-& gt;安裝成功。

PyMOL的插件工具欄將有壹個額外的菜單項GetBox插件,有三個子菜單,即:高級用法,自動檢測框和從選擇中獲取框(sele)。

這裏,我們使用這個插件來分析最常用的α-葡萄糖苷酶

這裏可以看到α-葡萄糖苷酶分別有兩個相同的活性位點和兩個雙糖。

選擇配體分子()後,單擊從選擇中獲取框(sele),將出現對接口袋的信息。

您也可以自動檢測停靠袋,並單擊自動檢測框。與上述不同的是,這兩種二糖在同壹個對接口袋中。