1、住房公積金相對開戶率低。公積金制度在許多中小城市尚未全面推廣，有些地方受部門利益或者地區局部利益的驅動，不願失去現有的住房福利，不能正確地把握形勢，仍然在搞上有政策下有對策。除了主觀因素外，還有企業虧損的原因，也有預算經費困難不能到位所形成的遺留問題。由於沒有相關的法律，對那些不實行住房公積金制度的單位，政府對它們沒有強有力的懲罰措施。
2.住房公積金未能及時繳足。我國經濟較發達的城市，如上海、廣州、深圳等地，其繳交比率遠未達到新加坡25%的水平，其他城市的情況就更不容樂觀了。即使這樣，不少部門和單位在較低的規定比例內也難以足額繳存，或繳存拖延時間較長，表現出很大的隨意性。許多企業由於效益不好欠繳、緩交住房公積金的現象比較嚴重，已經陷入惡性循環。
3.住房公積金被擠占和挪用。國務院在有關決定中，將住房公積金的屬性定為“個人繳交，單位資助，所有權歸個人。”但由於認識上的偏差，導致有些單位對公積金重視不夠，擠占挪用住房公積金的現象時有發生，還有壹些單位對住房公積金只扣除但並不歸集，這些行為挫傷了職工參加房改的積極性，影響了國家對整個房改工作的總體安排。