財經院擁有比較完善的學科體系和科研平臺。目前設有財政研究室、稅收研究室、成本與價格研究室、流通產業研究室、國際貿易與投資研究室、服務貿易與WTO研究室、信息服務與電子商務研究室、服務經濟研究室、城市與房地產研究室、旅遊與休閑研究室和綜合經濟戰略研究部等11個研究室（部）。設有《財貿經濟》編輯部、《CHINA FINANCE & ECONOMY》編輯部、《財經院專報》編輯室、《財經論壇》編輯室、網絡與信息資料室等5個科研輔助機構以及院長辦公室、行政辦公室、科研組織處等3個行政服務機構。下轄2個國家級學會——中國市場學會和中國成本研究會；4個中國社會科學院院級研究中心——對外經貿國際金融研究中心、財稅研究中心、旅遊研究中心、城市與競爭力研究中心，以及2個研究院（所）級研究中心——服務經濟與餐飲產業研究中心、信用研究中心。
財經院也是擁有久遠歷史、學科體系完備的國家重要人才培養基地。作為中國社會科學院研究生院的壹個重要組成部分，財經院下轄財政與貿易經濟系，擁有財政學、國際貿易學、金融學、產業經濟學、旅遊管理學等5個博士點和5個碩士點。作為中國社會科學院博士後流動站體系的壹個重要組成部分，財經院設有應用經濟學和工商管理學等2個博士後流動站。除此之外，財經院還接受“西部之光”、“新疆特培”等來自國內外的各類訪問學者研修，受托接受各類人才培訓和繼續教育工作。