政策調研室：菏澤市財政局政策調研室，需研究提出貫徹市委財經工作重大部署的具體建議並督促落實，組織開展財稅政策調研和財政工作重大問題研究，提出政策建議。
辦公室：菏澤市財政局辦公室負責文電、會務、督查、信息、檔案、信訪、值班、安全等局機關日常運轉工作。