1、學校性質和辦學定位：雲南財經大學是壹所以經濟、管理學科為主的財經類本科高校，而雲南大學則是壹所綜合性大學，擁有較全面的學科設置。因此，兩所院校的金融專碩在學校性質和辦學定位上存在差異。
2、專業設置和課程設置：不同院校的金融專碩在專業設置和課程設置上存在差異。雲南財經大學的金融專碩更加註重金融理論與實踐的結合，強化金融業務及金融實務技能的培養；而雲南大學的金融專碩更側重於金融學理論體系的構建和研究。