西安醫科大學創建於1937年，其前身為國立北平大學醫學院，1950年，改稱為西北醫學院。2000年4月，西安醫科大學與西安交通大學，陜西財經學院三校合並，更名為西安交通大學醫學院。
學部地處中國歷史文化名城西安，是衛生部原直屬重點醫學院校。根據官網顯示，學部先後與日本等十多個國家和地區的醫學院校和衛生機構，如世界衛生組織，聯合國兒童基金會，光華教育基金會，臺灣陽明大學等組織和機構建立了長期的合作關系。