舟山跨海大橋在建設過程中曾經發生過三次輪船撞橋或擦橋事故。
2008年3月27日淩晨1時15分，臺州籍貨輪“勤豐128”與正在建設中的金塘大橋發生撞擊，導致橋面上的兩塊箱梁斷裂塌落，其中大部分直接砸向貨輪的船尾，船上4人死亡，多人受傷。這壹事故使得大橋施工被迫暫停。 2009年1月6日10點30分左右，桃夭門大橋被違規行駛的江蘇連雲港籍“信旺6號”工程船擦碰，大橋鋼箱梁底部局部被擦損。幸好，大橋仍正常運行。
2009年11月16日下午，載有約3000噸鋼板的韓國籍貨船“馬克”號發生走錨，擦碰金塘大橋壹處非通航孔兩側的E31和E32兩座橋墩，最終在寧波鎮海海域沖灘。經舟山市政府、東海救助局、寧波海事局等有關部門全力搜救，船員全部脫險。這壹事故雖然對大橋損害不大，但是原定於11月22日的通車儀式由於考慮到安全原因被迫取消。
舟山跨海大橋橫跨進出寧波舟山核心港區主航路，更是外國籍化工船進出寧波舟山核心港區的主通道。僅通過金塘大橋主通航孔的船舶日均流量就達260艘次，隨著寧波舟山港總體規劃的實施，今後幾年寧波舟山港將迎來又壹個發展高潮。但該海域海水流態復雜，海上全長18.27公裏的金塘大橋***布有水中橋墩511個，其余約16.27公裏長的非通航孔橋墩均位於原繁忙的通航水域內。如果不加強防範措施，橋體仍存在被撞的很大可能。