南京財經大學科研處主要負責全校科研工作，下設糧食安全與戰略研究中心、江蘇現代服務業研究院、江蘇產業發展研究院、高等教育研究所、糧食經濟研究院、企業發展戰略研究所、WTO 研究中心、南京都市圈研究中心、中國糧食流通管理培訓中心、科技開發部、電子商務實驗室、糧油品質控制及深加工技術實驗室、國際經濟法研究所等研究、科研機構。主要對全校各院系、各部門的科研工作進行領導和指導。