馬時亨已婚，妻子是王培琪，二人育有兩名女兒。大女兒曾在港大攻讀教育博士，小女兒在英國會考取得10A成績。馬時亨與王培琪曾是新法書院同學，同年進入香港大學，到1978年在加拿大多倫多重逢，1979年註冊結婚。王培琪創辦了壹間名為全城更新的基督教機構，馬時亨受太太影響，在2003年亦領洗成為教徒。馬時亨在1996年入籍加拿大，2002年出任局長前放棄加拿大國籍。馬時亨喜好打高爾夫球。
根據馬時亨2002年上任財經事務及庫務局局長時向政府的申報，他名下持有8間物業，1間在香港、2間在中國內地、4間在英國及1間在加拿大，是局長中擁有物業數量第三位。