南京財經大學是江蘇省高等教育自學考試首批主考學校之壹。從2002年開始招收全日制自考助學專業學生，依托南京財經大學的學科、專業、師資等優勢，經江蘇省高等教育自學考試委員會批準設置，面向主考學校開考的經濟建設和社會發展急需的經濟、管理類等專業，以培養高素質的應用型、實用型、職業型人才為目標，充分體現了南京財經大學的學科優勢和學科特色。
近幾年南京財經大學自考助學專業招生規模和在校生人數均居全省前列，自考畢業生考取研究生人數逐年增加，自考助學工作得到了廣大考生和社會各界的充分肯定，2003年被江蘇省考委、江蘇省教育廳評為江蘇省高等教育自學考試先進集體，2007年被全國考委評為全國高等教育自學考試先進集體。
目前，南京財經大學開設的自考助學專業主要有國際商務、財稅、金融、電子商務物流、會計信息技術、物流管理、市場營銷、公***事業管理、商務管理、經濟法學、食品安全與品控、軟件工程、信息管理與信息系統、經貿英語、新聞與傳播學等。