1、規定不同
財政預算執行情況審計對國務院各部門和地方各級政府是否積極組織收入、是否及時合理地撥付資金並不斷地組織財政預算收支平衡的審計。
財政決算審計是指對地方政府年度財政預算執行總結果及所編制決算的合法性、合規性、真實性實施的審計。
2、功能不同
財政預算執行情況審計審查預算收入的完成進度是否達到計劃要求，分析預算收入大幅度增減的原因。
財政決算是財政預算執行的總結，是國家經濟活動在財政上的集中體現，反映國家的政策和各項事業的進程與成果，是研究經濟問題，制定經濟政策的參考，也是預算設計、實施、管理、平衡、資金使用效果和財政監督的全面檢驗。
3、作用不同
財政預算執行情況審計審查預算外資金是否有健全的管理和監督制度；來源是否符合國家的有關政策規定；有無濫支濫用，違反財經紀律現象，有無利用預算外資金搞違法經濟活動的情況。
財政決算審計對於糾正違反財政預決算制度、財務制度和稅收法規的行為，維護財政決算的真實性、合法性、準確性、維護國家整體利益和各級地方的合法權益，促進國家財經政策和宏觀調控措施的落實，加強財政管理，完善財政法規，具有十分重要的意義。
百度百科-財政決算審計
百度百科-財政預算執行情況審計