學術型碩士偏重於理論；專業碩士偏重於實踐應用能力的培養。
此外，其考試科目不同，初試專業碩士只考管理能力聯考、英語兩門；而會計學要考思想政治、英語、數學三、802管理學四門。
倆種的學費也不同。專業碩士學費較高，而且多是自費；學術型碩士學費低，且公費較多。