綠諾屬於山東財經大學社團組織，直接對學校團委負責。而綠諾主席團屬於組織運行機構，對綠諾負責。主席團的人員由綠諾會員選舉和自薦進入。通常情況下主席團壹年壹次換屆。
主席團下設6個部、3個小組 。其中3個小組隸屬於策劃組織部。五個部的成員來自綠諾會員，而3 個小組：野外生存小組、環境教育小組、綠地圖小組的成員可以來自非綠諾環協會員。綠諾的發展很大程度上靠自身組織結構與制度的不斷發展、完善。主席團下設 秘書處，財務部，文藝宣傳部，策劃組織部，外聯部，信息技術部。