南京財經大學始建於1956年的糧食部南京糧食學校，是新中國自己創辦的第壹批糧食院校之壹。
1981年，南京糧食經濟學院在原南京糧食學校的基礎上建立。1993年，學校更名為南京經濟學院。1999年，南京物資學校並入南京經濟學院。2000年，南京經濟學院、江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟管理幹部學院三校合並，組建成新的南京經濟學院。
2003年，經教育部批準，學校正式更名為南京財經大學。2011年，江蘇省人民政府與國家糧食局簽約***建南京財經大學。2019年，國家糧食和物資儲備局與江蘇省人民政府簽署戰略合作協議，全力支持學校事業發展。