《名偵探柯南》漫畫日文版連載於日本小學館漫畫雜誌《周刊少年Sunday》，於1994年1月19日發售的1994年第5號開始連載漫畫第1話。正常刊載時間為每周三。因作者住院，從2015年第17號起，連載暫時改為不定期， 於第34號恢復正常刊載。
臺灣中文版連載於青文出版社漫畫雜誌《元氣少年》。但該雜誌於2009年6月5日停刊，因此臺灣地區暫無漫畫雜誌連載《名偵探柯南》。
大陸中文版連載於吉林美術出版社漫畫雜誌《龍漫少年星期天》 ，於2006年7月號（創刊號）起開始連載（從漫畫File.556起），到2014年12月號（停刊號）結束。 2012年6月，作者青山剛昌在接受日本財經新聞采訪時回應了網上關於“名偵探柯南將在漫畫100卷內完結”的傳言。青山剛昌表示“也許會繼續畫下去也許不會，但整個故事的結局已經定下了”（後另有消息稱青山已確定漫畫會超過100卷）。當被問及關於黑衣組織的頭目究竟是男是女這壹問題時，青山剛昌表示：“暫時不能透露，但可以提示的是，黑衣組織的頭目已經以全名的形式在漫畫中登場了” 。對於“組織頭目是漫畫已出現全名的人物”，青山其實早在2006年1月接受《朝日新聞》采訪時已經透露。
除此之外，網上廣泛流傳的“青山剛昌爆料柯南大結局細節”、“柯南將於近期進入完結篇”等情報全部為杜撰。鑒於原作與劇場版的相互獨立性，大結局也不太可能以劇場版的形式公映。