1、會計主體不同：中小學會計制度屬於公***部門會計制度，主要適用於中小學等公***教育機構。而民間非盈利制度主要適用於非政府組織、慈善組織等非盈利性質的組織。
2、會計制度內容不同：中小學會計制度內容主要包括財務會計和成本會計兩部分，主要涉及到中小學的收支、資產負債、費用等方面的會計處理。而民間非盈利制度則涉及到非盈利組織的捐贈、支出、項目資金管理等方面的會計處理。
3、會計處理方法不同：中小學會計制度主要采用現金會計法和計劃會計法，而在民間非盈利制度中，會計處理方法多樣，包括現金會計法、權責發生制會計法、收到支付的現金法等。
4、資金來源不同：中小學會計制度中的資金主要來自於政府撥款以及學雜費等收入，而民間非盈利制度中的資金主要來自於捐贈、贊助、會員費等。