1997年10月結束博士後研究工作後，進入復旦大學生命科學學院任教。
1999年入選中華人民***和國教育部首批骨幹教師項目承擔者；同年，入選上海市教育委員會、上海市教育發展基金會第五屆曙光計劃項目承擔人。多年來她積極參加上海市教育發展基金會所召集的相關工作。為表彰曙光學者為上海教育事業發展作出的貢獻，2002年上海市教育發展基金會為她和其他部分曙光學者頒發了榮譽證書。
在復旦大學任職期間，她先後為復旦大學和上海財經大學的本科生了講授《普通生態學》、《人類生態學》、《應用生態學》、《中國名貴珍稀水生動物學》等四門課程，計劃為上海市東北片高校講授跨校選修課《中國名貴珍稀動物學》；同時，還為生命科學學院研究生講授了《高級水生生物學》、《水生經濟動物養殖學》、《名貴珍稀水生動物保護生物學》等課程。
此外，王金秋博士還積極熱心參加各種社會活動：是國際輪蟲組織網絡成員；為多個學科的學會會員；第五屆上海市生態學學會理事、第六屆上海市生態學學會常務理事和副秘書長等。