安徽財經大學中國合作社研究院的前身“安徽財經大學農村經濟社會發展研究院”正式成立於2005年1月，時轄兩個研究機構——合作經濟研究中心和三農問題研究中心。2010年7月經機構調整，下轄三個研究機構——合作經濟研究中心、三農問題研究所和棉花工程研究所，同時作為農業經濟管理專業碩士點的依托單位。
為進壹步彰顯學校辦學特色，2011年5月，經校黨委常委研究決定，“安徽財經大學農村經濟社會發展研究院”更名為“安徽財經大學中國合作社研究院”。目前，研究院下設機構有：“壹個博物館”，即中國合作經濟博物館；“兩個研究所”，即三農問題研究所和棉花工程研究所；“八工作室”，即合作社理論與政策工作室、新網工程與流通合作工作室、棉花產業發展工作室、合作金融工作室、農民專業合作社工作室、互助社會保障工作室、合作社治理工作室和合作社法制工作室；以及院辦公室、院資料室和校友辦公室等其他機構。