南京財經大學創建於1956年，1981年升格為南京糧食經濟學院，1993年更名為南京經濟學院。1999年，南京物資學校並入南京經濟學院。2000年，江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟管理幹部學院並入。2003年4月，經教育部批準，南京經濟學院正式更名為南京財經大學。