學校創建於1941年秋，當時名為南京市特殊市立第壹職業中學。1950，更名為南京市屬財經學校；1953，更名為南京工業會計統計學校；1955，更名為南京鐵路運輸學校；1958，擴建為南京鐵道學院；1959，更名為南京鐵路運輸學校；2002年6月28日更名為南京鐵路職業技術學院。學院位於南京市浦口區朱楨南路65號。