學院學科與專業建設的主要方向是對外商務漢語和泰語、越南語小語種教育。對外商務漢語學科的建設將充分發揮學校整體性學科優勢，在充分吸取傳統漢語的基礎上，根據中國—東盟自由貿易區建設的實際需要，建設包括財經、管理、貿易等內容的實用性商務漢語並向國家漢辦申報建設面向東盟地區的對外商務漢語培養基地。今後，將根據形式發展需要和學校的統壹部署，陸續建設其他東盟國家小語種專業，並建設符合中國—東盟國家小語種專業，符合中國—東盟經濟、貿易發展需要的專業與學科，培養相關專業人才。
學院有完善的教學體系。語言新生入校時，將參加入學分班考試，根據漢語水平被分在不同的班級中學習。本科留學生由東盟學院安排至各相關學院完成專業課程的學習。其中，漢語課為貫穿本科留學生的必修課，中國概況為高年級本科留學生必修課，兩門課程由東盟學院負責開設。為提高漢語教學質量，突出對外商務漢語特色，學院還聘請校外專家對東盟學院的教學進行指導，編寫了“中文入門”和“財經中文”等對外漢語教材。
雲南財經大學東盟學院將堅持“擴大規模，提高層次，保證質量，規範管理”的國家來華留學工作原則，突出面向東南亞、南亞的學科發展特色及培養經世致用人才的要求，把東盟學院打造成為學校國際化建設的良好平臺之壹，為雲南的經濟社會發展和中國—東盟自由貿易區建設做出相應的貢獻。