1、監管機構不同：
國內上市公司的監管機構是中國證監會，在新三板掛牌交易的公司，是由全國中小企業股份轉讓公司進行監管。
2、所遵循的法律不同：
中國上市公司最主要遵循的法律是《證券法》，由國務院聯席會議直接執法（公檢法都在）。掛牌公司最主要遵循的法律是《公司法》，由當地公檢法執法。
3、投資者群體不同：
上市公司的股票可以被自然人所持有，企業上市的目的是展開融資。掛牌公司則明確規定個人投資者需要有兩年以上的證券投資經驗，或具有會計、金融、投資、財經等相關專業背景，並且要求投資者本人名下前壹交易日日終證券類資產市值在300萬元人民幣以上才可以參與新三板投資，
而機構投資者需要註冊資本達到在500萬元才可進行投資。掛牌公司進入股轉系統是為了規範運營，進而開展融資或者。