清華大學在職博士研究生可以報考兩個專業類別。
1、普通類：
數學類、物理學類、電子信息類、工科試驗班類、化學類、環境科學與工程類、環境科學、城鄉規劃、地質學類、生物科學、中國語言文學類、歷史學類、考古學類、哲學類、人文科學實驗班、理科試驗班類／文科試驗班類。
2、醫學類：
口腔醫學（五年制）、預防醫學（七年制本碩連讀）、藥學（六年制本碩連讀）、英語（生物醫學英語，五年制）、臨床醫學（八年制本博連讀）、臨床醫學（五年制）、基礎醫學（八年制本博連讀）、口腔醫學（八年制本博連讀）。
我國高等學歷教育分為三個學歷層次：分別為專科，本科，研究生，而研究生學歷為最高學歷，但研究生可以根據學位分為碩士研究生和博士研究生，博士研究生是高等學歷教育中最高的教育等級。
博士研究生畢業時，可以獲得全日制博士研究生畢業證書和博士學位證書。而以同等學歷在職攻讀博士學位的，則不能取得學歷證書只能取得學位證書，其學歷仍然是原學歷，如本科或碩士研究生。