2011年2月，原中國國土資源報社長、中國土地學會副理事長劉允洲被“雙規”。隨後，李元開始被調查，並且需要每周向紀檢組“報到壹次”。
知情人士透露， 監察部駐國土資源部監察局等機構，此前已經在國土資源部幹部會議上，宣布過對李元事件的調查。
國土資源部壹位副司級幹部向記者表示，此事已經告壹段落，對於李元的事情，也就是“雙開”了，目前看，尚不會追究其法律和刑事責任。原因是李元本人僅是牽扯到別的案件當中。
2008年2月份，李元從國土資源部副部長職位上退休。而李元所牽涉的事情，已經是其退休以後的行為，不是職位行為；除此以外，其牽涉的事情暫定性為“違紀”。
2011年6月9日晚，《財經網》報道指出，國土資源部原副部長、黨組副書記、原國家土地副總督察、十壹屆全國政協人口資源環境委員會副主任李元被雙開(開除黨籍和公職)。
2011年5月，李元被“雙開”的消息已在國土資源部黨組成員範圍內進行了傳達。國土部人士表示，李元所涉違紀事情，可能並非職務行為，即不是利用職權敢於相關工作以獲取好處。
2011年6月24日政協第十壹屆全國委員會常務委員會第十四次會議通過，鑒於李元嚴重違紀，根據中***中央紀律檢查委員會的建議，按照《中國人民政治協商會議章程》第二十九條和第三十六條的規定，免去其第十壹屆全國政協人口資源環境委員會副主任職務、撤銷其第十壹屆全國政協委員資格。