1、南京財經大學2003年由南京經濟學院更名為南京財經大學，前身是成立於1956年的糧食部南京糧食學校。山東財經大學2012年由原山東經濟學院和原山東財政學院合並籌建。南京財經大學歷史更為悠久，口碑好。
2、南京財經大學在食品科學方向的專業實力不俗，其中食品科學與工程專業不僅是江蘇省品牌專業，還是國家級特色專業。山東財經大學沒有國家特色專業。所以南京財經大學好。