1952年全國院系調整時東吳大學與蘇南文化教育學院、江南大學數理系合並為蘇南師範學院，同年定名為江蘇師範學院，在原東吳大學校址辦學。1982年經國務院批準改辦為蘇州大學。經教育部和江蘇省省政府批準，蘇州蠶桑專科學校、蘇州絲綢工學院、蘇州醫學院先後於1995年、1997年、2000年並入蘇州大學。設立於上海昆山路146號的東吳大學法學院，法律系並入華東政法學院（今華東政法大學），會計系和原東吳大學法學院院址並入上海財政經濟學院（今上海財經大學）。