東北財經大學下設研究生部、MBA學院、MPAcc教育中心、MPA教育中心、J.M教育中心、財政稅務學院、電子商務學院、法學院、公***管理學院、工商管理學院、國際漢語文化學院、國際經濟貿易學院、國際商務外語學院、國際商學院、金廣建設管理學院、金融學院、富虹經濟學院、會計學院、旅遊與酒店管理學院、成人教育學院、網絡教育學院、職業技術學院、自學考試學院、經濟信息系、數量經濟系、統計系、社會學系、文化傳播系、體育教學部等29個教學機構，此外，在大連經濟技術開發區設有壹個獨立學院——津橋商學院。學校有專（兼）職教師843人，全日制在校生12494人。
東北財經大學研究生教育既有普通全日制碩士、博士研究生教育，又有專業碩士學位教育。學校現有應用經濟學和工商管理2個博士後流動站，擁有理論經濟學、應用經濟學、工商管理和管理科學與工程4個壹級學科博士學位授權點；下設34個二級學科博士點；54個碩士點。學校還具有工商管理碩士（MBA）、公***管理碩士（MPA）、會計碩士（MPAcc）、法律碩士（J.M）等專業碩士學位授予權。