新疆大學，簡稱“新大”，位於新疆維吾爾自治區首府烏魯木齊。是教育部和新疆維吾爾自治區人民政府共建的綜合性全國重點大學。石河子大學，簡稱“石大”，位於新疆維吾爾自治區石河子市，由教育部和新疆生產建設兵團共建。
新疆農業大學位於新疆烏魯木齊市，是自治區重點農業高等院校。新疆醫科大學位於新疆烏魯木齊，是新疆唯壹的獨立醫學院。新疆金融學院，簡稱“新疆財大”，位於新疆維吾爾自治區烏魯木齊市，是新疆重點建設高校。