研究生教育始於1981，並於同年成立了研究生教育管理機構——研究生部，是我國文革後恢復高等教育以來較早招收和培養研究生的機構之壹。隨著研究生培養規模的不斷擴大，1986成立研究生部，1990更名研究生部。
經過20多年的建設和發展，特別是通過“211工程”、“九五”、“十五”期間的重點建設，該校研究生教育形成了以經濟管理為主體、金融為重點、其他學科協調發展的研究生培養格局，培養規模和水平邁上了新臺階。學校有金融學、政治經濟學、會計學、統計學四個國家重點學科。金融學等省部級重點學科12個；
擁有博士學位授予權的壹級學科有三個:理論經濟學、應用經濟學、工商管理；有30多個博士學位授權點和60多個碩士學位授權點(包括MBA和EMBA、法學碩士、會計碩士和公共管理碩士)；中國金融研究中心，全國唯壹的高校金融學科重點研究基地。
西南財經大學研究院是全國首批招收MBA的試點單位之壹，也是全國首批招收高級管理人員攻讀EMBA的30所院校之壹。20年來，學校培養了8400多名研究生和880名博士生。為國家經濟建設輸送了大批思想品德優秀的創新型、應用型高素質人才。