1、性質不同：個人獨資企業不具有法人資格。小微企業具有法人資格。
2、註冊條件手續不同：小微企業註冊條件手續根據增值稅壹般納稅人認定管理辦法的規定，納稅人應當向主管稅務機關填報申請表。個人獨資企業註冊條件投資人為壹個自然人，且只能是中國公民。
3、繳稅方面不同：個人獨資企業不繳納企業所得稅，繳納個人所得稅。小微企業月應稅銷售額不足3萬元(季度不足9萬元)免征增值稅，但不壹定就免繳納企業所得稅。
擴展資料：
小型微利企業註意事項：
根據《中華人民***和國企業所得稅法》（中華人民***和國主席令第63號）第二十八條第壹款規定：符合條件的小型微利企業，減按20%的稅率征收企業所得稅。
根據《財政部國家稅務總局關於小型微利企業所得稅優惠政策的通知》（財稅〔2015〕34號）、《國家稅務總局關於貫徹落實擴大小型微利企業減半征收企業所得稅範圍有關問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第17號）：
自2015年1月1日至2017年12月31日，對年應納稅所得額低於20萬元（含20萬元）的小型微利企業，其所得減按50%計入應納稅所得額，按20%的稅率繳納企業所得稅。
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