財經法紀審計中審計機構的任務主要有：
（壹）負責審查並處理財務審計和經濟效益審計中發現的重大違反財經法紀的問題。
（二）負責審查並處理人部審計機構上報的嚴重違反財經法紀的問題。
（三）負責審查上級黨政機關或審計機關批辦的違法財法紀的問題，並上報結果。
（四）負責審查並處理群眾舉報的嚴重違反財經法紀的問題。
（五）配合監察部門和其他有關部門查處重大經濟案件。