分公司負責人的工資不壹定由總公司支付，壹般由總公司和分公司協商決定。1.工資是指用人單位或用工單位根據法律、行業規定或與員工的約定，以貨幣形式支付給員工的勞動報酬。二、工資可以按小時工資、月薪和年薪等不同形式計算。三、在中國，下列由用人單位承擔或支付給員工的費用不屬於工資:（1）社會保險費；（2）勞動保護費；（三）福利費；（4）解除勞動關系時支付的壹次性補償費；（五）計劃生育費；（六）其他不屬於工資的支出。
中華人民共和國勞動法
第四十六條工資分配應當遵循按勞分配原則，實行同工同酬。
工資水平在經濟發展的基礎上逐步提高。國家對工資總額實行宏觀調控。
第四十七條用人單位根據本單位生產經營特點和經濟效益，自主確定本單位的工資分配方式和工資水平。
第五十條工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得無故克扣或者拖欠勞動者的工資。