1、專業實力。南開最好的專業是世界經濟和國民經濟學，而上財最好的是西方經濟學和計量經濟學。當然啦，這兩個學校都是經濟類的頂尖院校，其他專業也很好，只是相比之下稍差壹點。
2、學校綜合實力和師資力量。南開壹直是國內頂級學府，綜合力量強大，師資雄厚；上財綜合實力只是211，但是經濟學實力在國內可以媲美清華北大，更重要的是它的教授大部分是海歸派，學術能力強大，而且教學方法秉承西方，科學先進，中英文授課，應該說學習西方經濟學等理論經濟學上財更勝壹籌。應該說這是兩者最大的區別，所以需要慎重考慮。
3、考研難度。南開初試比較中規中矩，就是西方經濟學和政治經濟學，考數學三，專業課參考書目較少，還算比較簡單吧；讓人頭痛的是它的每個專業招的人非常少（2—3個吧，具體妳自己查查），所以紮堆的風險非常大。上財的主要難點在於其專業課和數學，專業課考的是範裏安的《微觀經濟學：現代觀點》和曼昆的《宏觀經濟學》，這兩本屬於中級的教材，稍難；數學考的是數學壹，這個比較令人頭痛，尤其大學學的是經管類的，但是如果妳是理工的，那就另當別論了，還是壹種優勢呢。
4、經濟類好的還有其他院校，比如人大、廈大、武大、中大和南京大學，妳也可以考慮下的。
最後，祝妳考研成功！