1897年7月1日，河口口岸開阜通商。
1951年春，新中國成立後，由公安邊防部隊和海關抽調人員組成聯合檢查站對口岸出入境業務進行管理。1952年2月成立河口邊防檢查站，河口口岸經國務院批準正式定為國家口岸對外開放。
1979年1月河口口岸關閉，1993年6月30日恢復開通。該口岸五大聯檢機構健全。目前，年出入境人員流量100多萬人次，交通工具近10萬輛次，貨運10余萬噸。
1996年2月14日，滇越鐵路貨運正式復通，1997年4月18日國際旅客聯運復通。
2002年，口岸貿易額159916萬元人民幣。
2004-2012年是雲南省貨運量最大口岸。2013年上半年河口口岸貨物吞吐量達到125.84萬噸，實現進出口總額27.40億元人民幣，兩項指數均創歷史新高。