2000年6月28日，經教育部和江蘇省人民政府批準，南京經濟學院、江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟管理幹部學院正式合並為新的南京經濟學院。2003年4月，教育部發文同意南京經濟學院更名升格為南京財經大學。原江蘇財經高等專科學校現為南京財經大學橋頭校區，二級民辦學院紅山學院壹、二年級學生在此學習，目前在校生規模為4000余名。學校於2000年並入南京經濟學院（南京財經大學前身）。