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第二階段，即綜合階段，主要測試考生是否具備在註冊會計師執業環境中運用專業知識，保持職業價值觀、職業態度與職業道德，有效解決實務問題的能力。考生在通過第壹階段的全部考試科目後，才能參加第二階段的考試。
基於第二階段的考試側重於考查考生的勝任能力，建議考生在參加第二階段考試前註意積累必要的實務經驗。理論上說註會專業階段考試的通過率較低，難度較大，綜合階段要註意對知識點的綜合運用。
專業階段是壹科壹科的分科考，而綜合階段是妳專業通過之後考妳實際運用，之所以叫綜合階段就是說是考妳的綜合能力，也就是看妳具備專業的六科知識之後能不能靈活的運用專業的知識去解決實際的問題。專業六科可以在通過第壹科的那年開始計算考五年，而綜合是試卷(壹)和試卷(二)兩張卷子，是在妳全科通過後五年之內考過。綜合階段不僅僅是專業階段六門的簡單疊加，而是專業階段六門的基礎與實際工作經驗的有機結合，而且綜合階段中還包含財經專業英語，故個人覺得綜合階段比專業階段難。
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