（1）供應鏈斷裂風險。供應鏈融資主要是銀行依靠核心企業的信用為整個供應鏈提供融資的金融解決方案。核心企業壹般為大型企業，上下遊企業大多為中小企業。實際上是將核心企業的融資能力轉化為上下遊中小企業的融資能力，提高上下遊中小企業的信用等級。在融資工具向上下遊延伸的過程中，壹旦核心企業的信用風險出現，這種風險必然會隨著交易鏈蔓延到系統中的上下遊中小企業，從而影響供應鏈融資的整體安全性。
②道德風險。供應鏈融資涉及的主體包括金融機構、核心企業、中小企業和第三方物流企業等。這些主體在供應鏈融資業務中既有共同利益，也有不同利益。當利益發生沖突時，壹些主體可能會采取損人利己的行為，從而產生道德風險。當核心企業實力不足或累積的或有債務超過其承諾限額，無法有效履行對下遊的交付和擔保責任時，可能會利用其強勢地位與下遊經銷商合謀利用虛假交易獲取銀行資金，從而可能導致道德風險。
（3）操作風險。目前，中國的信用體系相對薄弱，尚未建立相對完善的信用體系，並且存在信息不對稱和失真。涉及國際貿易供應鏈融資時，對國外核心企業信用狀況的了解更為薄弱，因此對供應鏈的動態風險監測可能存在疏漏。