集美大學水產學院現有水產學和生物學2個壹級學科碩士學位授予點，水產養殖學、水生生物學、漁業資源學3個二級學科碩士學位授予點，農業推廣（漁業領域）1個碩士專業學位點，水產養殖學、動物科學、海洋漁業科學與技術、動植物檢疫等4個本科專業，其中水產養殖學專業為國家級特色專業建設點、水產養殖學教學團隊為省級教學團隊。福建省教改項目“水產養殖學本科實驗實習教學創新體系建立和實踐”獲得福建省教學成果獎壹等獎。2002年開始，有2位教授分別作為中科院武漢水生所和湖南農業大學的兼職博導招收培養博士生。目前已經有水產學壹級學科博士點。