1. 經濟校區：該校區位於哈爾濱市馬路灣大街，始建於1950年，是學校最早的校區之壹。經濟校區現占地面積56.4萬平方米，建築面積達27萬平方米。學校主要的行政辦公區、教學區、學生宿舍區、食堂及運動場等較為集中。
2. 口岸校區：該校區位於黑龍江省牡丹江市，依傍海蘭江畔，毗鄰中俄邊境。口岸校區是黑龍江財經學院為了擴大學校規模而新建的校區，遠離喧鬧的城市，環境幽靜。校區占地面積52.5萬平方米，建築面積為20.6萬平方米，主要包括行政辦公區、教學區、學生公寓區、食堂、圖書館和運動場等設施。
3. 清河校區：該校區位於黑龍江省齊齊哈爾市建華區長春路，占地面積60萬平方米，建築面積為29.4萬平方米。清河校區是學校最新建的校區之壹，環境優美，設施齊備。校區內主要包括行政辦公區、教學區、學生公寓區、食堂、圖書館和運動場等設施。