學院受財政部和上海市人民政府雙重領導，實行董事會領導下的院長負責制。它也是中國政府發起的亞太金融與發展中心(AFDC)的所在地，該中心是中國政府發起的第壹個在APEC框架下促進區域能力建設的機構。
參加國會學位教育:
學院大力發展以學歷教育為載體的高端系統化繼續教育。2002年，學院與香港中文大學合作，推出了中國最早的高級會計師專業會計碩士學位課程(EMPAcc)。2003年，學院與亞利桑那州立大學合作，推出金融與財務高級管理人員工商管理碩士項目(EMBA)。
2005年，MPAcc與上海財經大學合作成立。2011年學院被國務院學位委員會批準為碩士學位授予單位。2013，EMBA和EMPAcc獲教育部認證。
以上內容參考:百度百科-上海國家會計學院