最初開設了西學、國學、神學三門課程。由於學生水平有限，普通話和方言同時教授。1881年，英語教師F.L弗朗西斯·李斯特·霍克斯·波特(F.L. Francis Lister Hawks Pott)提前全面教授英語，這在中國教育史上是第壹次。弗朗西斯·李斯特·霍克斯波特龍學校1886後，英語教學被列為各科之首，1892增加了壹個正廳；教本科。65438年至0896年，學校形成了文理、醫學、神學、預科的教學格局，是上海唯壹的高等學府，對東南高等教育改革產生了深遠的影響。
1884年，學校收到美國紐約克拉克森女士的巨額贈款，用於修建教堂，教堂重建後成為學校的禮堂和聖公會教堂。80年代末，教堂被拆除，改建為華東政法大學圖書館。1894學校建有中式教育樓，為紀念其創辦人石主教而命名為“懷石堂”，並於90年代初更名為“韜奮樓”。1903年，聖約翰大學用庚子賠款基金修建了“四言堂”，紀念來自中國的牧師顏永靖先生。
1906學校在美國註冊，正式名稱為聖約翰大學。1913增加壹個學院招收碩士生，形成預科、本科、大學學院三級階梯。女生從1936招募。後來發展成為擁有五個學院和文、理、工、醫、農十六個系的著名大學，並於1947在國民政府註冊。1925五卅慘案發生後，學生和校方為了罷課發生了強烈沖突。為了防止學生參加反帝鬥爭，學校宣布停課。以孟憲成為首的17教職員工和553名學生憤然離校，於當年8月另辦光華大學(現延安西路東華大學舊址)。
1937八月十三日抗戰爆發後，聖約翰將學校遷至公共租界南京路大陸商場，並很快與滬江、東吳、之江四所大學共同組建了上海聯合基督大學。1940搬回原址。
第壹任主席施的任期為***10年，他的繼任者弗朗西斯·李斯特·霍克斯·波特為52年，他壹直從事教會教育工作。1941年，沈思良成為該校第壹任中國校長。
它的校訓最開始是“輕而真”，然後是孔子的名言“學而不思則罔，思而不學則殆”
1952，全國高校調整時並入上海其他高校。校址現為華東政法大學所在地。
大多數前校友服務於商業、教育、外交和醫療領域。著名的有周有光、貝聿銘、林語堂、顏惠卿、鄒韜奮、、王、、、、周以純、劉鴻生、顏福清、、牛慧琳、牛慧生、榮毅仁、鄒文懷。