屬於小規模納稅人的醫療服務機構只能開具增值稅普通發票；對於壹般納稅人，既可以開具增值稅普通發票，也可以開具增值稅專用發票。增值稅專用發票由中華人民共和國國家稅務總局監制印制，僅供增值稅壹般納稅人使用。它們不僅作為納稅人反映其經濟活動的重要會計憑證，而且作為賣方納稅義務和買方進項稅的法律憑證。它是增值稅計算和管理中重要的、決定性的、合法的專用發票。
增值稅專用發票的推行是增值稅改革的關鍵壹步。與普通發票不同的是，它們不僅具有商業憑證的功能，而且由於實行憑發票抵扣稅款，還必須向銷售方繳納增值稅。它具有完稅憑證的功能。更重要的是，增值稅專用發票鏈接了壹個產品從最初生產到最終消費的所有環節，保持了稅收的完整性，體現了增值稅的作用。
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十壹條納稅人進行應稅銷售時，應當向索取增值稅專用發票的買方開具增值稅專用發票，並在增值稅專用發票上分別註明銷售額和銷項稅額。
有下列情形之壹的，不得開具增值稅專用發票:
(壹)應稅銷售行為的買方是個人消費者；
(2)免稅條款適用於應稅銷售。
第二十二條增值稅納稅地點:
(壹)固定業戶向其機構所在地主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣(市)的，向各自所在地主管稅務機關申報納稅；經國務院主管財政稅務機關或其授權的財政稅務機關批準，總機構可以向總機構所在地主管稅務機關匯總申報納稅。
(二)在其他縣(市)銷售貨物或者勞務的固定業戶，應當將其經營事項向其機構所在地主管稅務機關申報，並向其機構所在地主管稅務機關申報納稅；未申報的，應當向銷售地或者勞務發生地主管稅務機關申報納稅；未向銷售或勞務發生地主管稅務機關申報納稅的，由機構所在地主管稅務機關納稅。
(三)非固定業戶銷售貨物或者提供勞務，應當向其銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅；未向銷售或勞務發生地主管稅務機關申報納稅的，由機構所在地或居住地主管稅務機關納稅。
(四)進口貨物應當在申報地向海關申報納稅。
扣繳義務人應當向其機構所在地或者住所地主管稅務機關申報繳納所扣繳的稅款。