鎮江市公安局下設辦公室、指揮中心、政治部、警務督察、治安管理、交通管理、刑事偵查、經濟犯罪偵查、禁毒、出入境管理、監獄管理、網絡安全、法制、信訪等職能部門。
辦公室
掌握全市治安工作，組織調查研究工作。
控制中心
負責各類案件的前期處理，受理人民群眾110電話報警或求助，受理人民群眾電話投訴等。負責全市公安通信和信息化建設；負責全市公安科技工作。
政治部
組織和指導全市公安隊伍建設。
警務督察支隊
組織、指導和協調全市公安機關警務督察工作；圍繞公安中心工作和重大警力部署進行現場檢查；監督公安機關及其人民警察履行職責、行使職權和遵守紀律。
治安支隊
負責全市社會治安管理，調查和指導全市治安行政案件的查處和審核以及公安部門管轄的刑事案件的查處；負責全市各類戶口的管理、審批，組織指導全市人口信息的采集、核對和變更；負責全市公共安全產品的管理，管理和指導全市保安公司的人防和技防業務。
交警支隊
負責全市道路治安管理、交通安全、交通秩序和機動車及駕駛員管理。
刑警支隊
負責全市刑偵業務，指導查處重大惡性案件和上級交辦案件的偵破和追逃工作。
經偵支隊
負責全市經濟犯罪案件的偵查工作，辦理和參與上級交辦的重大經濟犯罪案件的偵查工作。
水上警察支隊(掛鎮江市公安局水上分局的牌子)
負責長江鎮江段及所轄內河水域的治安管理，協調處理各類水事事件，查處水事案件。
禁毒支隊
負責全市禁毒工作，查辦重大毒品案件等。
監察支隊
負責全市監獄的安全、防範和管理工作。
出入境管理支隊
組織指導全市公安出入境管理和外事管理工作，負責公民因私出境和境外人員來鎮管理。
王安支隊
負責全市公共計算機信息網絡和國際互聯網的安全保護和管理，查處計算機網絡犯罪。
法律支隊
負責全市公安法制工作，起草或審查與公安有關的規範性文件，檢查指導全市公安執法工作等。
信訪辦公室
負責指導全市公安信訪工作，接待和受理群眾來信來訪，處理重要來信來訪和上級交辦的來信來訪。
警察安全部門
負責市局經費的預算、使用和管理，公安裝備和國有資產的管理，提供後勤服務。
巡邏特警支隊
負責辦理暴力恐怖犯罪案件；處理嚴重暴力犯罪；處理暴動和騷亂；處置大規模流氓行為和其他重大治安事件；處理對抗性強的群體性事件；參與本地區重大活動的巡邏防控和安全保衛工作；參與本地區社會治安復雜場所的整治。
國內治安支隊
負責指導和檢查本市機關、團體、企業、事業單位和金融機構的內部安全防範工作。
消防隊
負責全市消防監督管理工作。